显微镜的一些精密组件，如滤色块、内部光学元件以及相机等，应由厂家专业工程师进行清洁，用户切勿擅自拆解。其他容易变脏的组件可由用户自行清洁，这些组件包括：
确定污染位置
在开始清洁工作之前，首先应该准确找出污染物的位置。辨认相机上的污垢，只需要旋转和移动相机，观察污点位置是否会随之改变即可。如果位置改变，那么污垢不在相机上。同理，物镜上是否存在污染物也可以用这种方法进行辨别。
辨认其他组件上是否有污垢，可以在光线明亮的情况下用肉眼进行观察，如果污垢随着组件的移动而移动，则污垢在该组件上。辨认较大的灰尘颗粒和光学元件表面上的划痕，可以使用放大镜或通过相反的孔进行观察。
各类型污染物如何清洁
光学元件都是精密器件，上面沾染的污染物更是种类繁多，常见的就有灰尘、玻璃渣等，还有皮肤分泌的油脂、观察过程中使用的一些液体试剂等难清理的污垢。一般情况下，应当首先清除松动的污垢，接着清除水溶性污垢，最后清除只能用溶剂清除的污垢。
然而，要在不损坏组件的前提下，清洁显微镜，恢复完美的图像品质不是一件容易的事情，在这种情况下，探讨清除特定类型污染物的最佳途径就很有必要了。
浮尘处理方法
如果显微镜光学元件上只有浮尘（例如：载玻片玻璃粉尘、显微镜的皮肤薄片、衣物纤维、花粉等），最好是用压缩空气将其清除，吹气球就足以产生所需的气流。这种方法特别温和，可防止光学元件损坏。
基本所有清洁都应该从吹气球开始，因为这些浮尘能有一定的硬度，如果在除掉浮尘前直接接触式清洁，可能倒置镜片或镜片上的镀膜被刮伤，影响光学品质。
水溶性处理方法
清除水溶性污垢的方法操作简单并且非常温和。首先向污染物吹气，气息中的水蒸气可用于清洁，然后用脱脂棉从污垢中心向外打圈以擦拭污垢，对于较大的光学表面（例如：管镜片），需要从边缘到中间，再由中心到边缘进行螺旋运动，避免污垢在透镜上扩散（如图2）。需要特别注意的是，为避免污垢在透镜上扩散，严禁使用锯齿运动来清理光学元件。
图二：光学原件处理方法
顽固污垢的处理方法
当清除顽固污垢时，严禁在顽固污垢干燥的情况下将其清除，只可用纯溶剂、蒸馏水和洁净的工具，使用清洗液和合格的医用棉签或棉垫，确保它们不含有任何杂质，严禁使用产生摩擦的材料（例如：纸、超细纤维布等），避免损坏透镜表面，产生划痕。同时，需要避免使用丙酮和含铵溶剂进行清洁，以防损害显微镜塑料组件以及光学元件的抗反射涂层，并造成永久性损坏。
镜油的处理方法
每个标本观察完后，需要取擦镜纸，使用少量溶剂（例如：酒精、丙酮和二甲苯等）进行擦拭，再取新的擦镜纸将镜头上的残留液体擦净，最后使用吹气球去残留的短绒，这样才能完全清除镜油（如图3）。
有机溶剂大多含有毒性，不利于环保，使用时需小心，特别是丙酮，会和大多数类型的塑料、橡胶发生反应，溶解有机涂层。因此，一般少用丙酮清理显微镜，常用的溶剂是酒精和乙醚的混合溶液，酒精：乙醚=3：7。
除此之外，擦镜纸必须是专门用于高品质光学镜头的，存储在有盖容器中，防止空气中的悬浮粒子污染。
显微镜的保管
显微镜使用后，应小心除去浸液物镜上残留的浸镜油，最后将显微镜存放在干燥的室内，并用防尘罩罩住。
通过上述方法，可以高效的对显微镜进行彻底清洁，当然，更重要的是要在日常使用过程中以及保管期间有意识地避免仪器受到污染，由于显微镜的光学系统和机械系统都是经过精密调整的，因此保管时也应该注意防震，以保持它固有的高效能，获得最佳的图像质量。
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